Koncepcja kompleksu muzealnego oparta jest na dwóch filarach, którymi są dworek „Milusin” oraz nowy budynek Muzeum z nowoczesną przestrzenią wystawową. Kompleks muzealno-edukacyjny został zaprojektowany tak, aby był nierozłącznie powiązany z domem rodzinnym Piłsudskiego, jego unikatową atmosferą, a także otaczającym go lasem i ogrodem. Z tego powodu – aby nie zdominować wielkością dworku – większa część kubatury nowego Muzeum została ukryta pod ziemią, a część naziemna jest wtopiona w zieleń
— Krzysztof Jaraczewski
W sąsiedztwie zabytkowego dworku „Milusin” powstał nowoczesny budynek muzealno-edukacyjny o powierzchni użytkowej ok. 6 tys. metrów kwadratowych. Autorami koncepcji architektonicznej są Radosław Kacprzak i Krzysztof Jaraczewski. Budynek ma prostą, surową formę, z ażurową elewacją. Ściany Muzeum odlano z betonu architektonicznego, zachowując w nim odciski nieheblowanych desek szalunkowych. Wejście dla publiczności znajduje się u styku dwóch brył. Nieduże w stosunku do budynku drzwi dają poczucie wejścia „do sąsiada”. Gmach Muzeum jest wtopiony w otaczającą go zieleń i nie dominuje nad zabudową miasta. Kompleks muzealno-edukacyjny jest rodzajem parku kulturowego, o powierzchni ok. 4 ha. Centralnym punktem budynku muzealnego jest usytuowana pod ziemią narracyjna wystawa stała. W części podziemnej znajdują się również strefa edukacyjna i magazyn zbiorów. Nad ziemią powstały dwie połączone ze sobą bryły architektoniczne, o wysokości 12 m, mieszczące m.in. salę wielofunkcyjną, w której odbywać się będą wystawy czasowe, konferencje i debaty, strefę obsługi gości, restaurację, miejsce wypoczynku oraz część biurową.
Składający się z dwóch „serc” kompleks muzealno-edukacyjny tworzy unikatowe w skali całego kraju połączenie kameralności historycznego dworku i terenów wokół niego z nowoczesną przestrzenią nowego budynku.
